在发醇全过程中，培养基灭菌关键有下列好多个原因：如不杀菌，会使微生物反映的栽培基质或物质，因霉菌的耗费而损害，导致生产工作能力的降低;霉菌也会造成新陈代谢物质，这就使物质的获取更为艰难，导致得率减少，产品品质降低;霉菌很多繁育后，会改变反映液的pH值，使反映出现异常;一些霉菌会溶解物质，使生产不成功;假如产生噬菌体环境污染，生产菌体细胞将被裂化，使生产不成功。
普遍的灭菌方法
(一)化合物杀菌
基本原理：药品与微生物菌种体细胞中的成份反映，使蛋白质水解酶降解。应用范畴：容器、两手和试验室、无菌车间的自然环境杀菌，不可以用以培养基灭菌。
常见的灭菌剂：室内甲醛37%戊二醛2%高锰酸钾溶液0.1%-0.25%苯酚0.1%-0.15%
漂白液5%过氧乙酸0.02%-0.2%乙醇75%焦碳酸二乙酯0.01%-0.1%煤酚皂(来苏尔)1%—5%
(二)辐射源杀菌
辐射源杀菌的基本原理是运用高效率能量的电磁波辐射与菌体核苷酸的光化学变化导致菌体身亡。常见的有紫外光、X射线和γ放射线。用以室内空气质量及容器表层杀菌。
(三)干热灭菌
杀菌基本原理是运用高溫对微生物菌种有空气氧化、蛋白质水解和电解质溶液萃取功效而消灭微生物菌种。常见烧灼和暖空气消毒箱加温，140-180℃1-2钟头。适合对夹层玻璃及金属材料用品及沙子管杀菌。
(四)湿热灭菌
杀菌基本原理是立即用蒸气杀菌，蒸气在冷疑时要释放出来很多汽化热，蒸气具备强劲的穿透性，毁坏菌体蛋白质和核苷酸的离子键，使酶降解，微生物菌种因新陈代谢阻碍而身亡。水焯过热蒸汽杀菌：100℃。或饱和水汽杀菌：一般121℃，30分钟。合适培养液和发酵设备杀菌。
(五)过虑杀菌
杀菌基本原理是运用微生物菌种不可以通过滤纸杀菌。方式是应用0.01~0.45mm直径滤纸，用以空气压缩、酶水溶液以及他不耐高温化合物水溶液杀菌。
在工业生产生产中，针对培养液、管路、机器设备的杀菌，一般选用蒸气加温到一定的溫度，并隔热保温一段時间的灭菌方法，称作湿热灭菌。湿热灭菌的明显优势是：方便使用，零污染，并且其凝结水能够立即冷疑在培养液中，还可以根据管路排出来。
培养基灭菌大部分用湿热灭菌。考量热杀菌的指标值许多，MAX常见的是“热死時间”，即在限制的溫度下杀掉原来微生物菌种中一定占比需要的持续時间。影响热杀菌的溫度和時间的要素许多，包含：微生物菌种类型、特性、浓度值和培养液的特性、浓度值等。
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