革兰氏阳性菌和阴性菌主要区别是结构不同、药物敏感度不同、染色体不同等。革兰氏阳性菌细胞壁的肽聚糖较厚且具有磷壁酸，革兰氏阴性菌细胞壁的肽聚糖相对来说是比较薄的，没有磷壁酸。
1、结构不同：革兰氏阳性菌细胞壁的肽聚糖较厚且具有磷壁酸，革兰氏阴性菌细胞壁的肽聚糖相对来说是比较薄的，没有磷壁酸。
2、药物敏感不同：革兰氏阳性菌对青霉素抗生素药物是比较敏感的，而革兰氏阴性菌对青霉素药物不敏感，但是对四环素药物是比较敏感的。
3、染色体不同：革兰氏阳性菌的染色体并不是特别明显，在使用碱性番红之后才可以查看，革兰氏阴性菌通常会出现红色的染色体。
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