肛痿不严重的患者是可以自愈，但是这种自愈几率还是比较小，大多数的患者都是需要通过一段时间的治疗后才会逐渐好转，这种情况有的时候只要通过药物治疗就可以完全康复，但是这种保守治疗方法只针对一些病情比较轻微的患者，可以使用外敷内服的方式，综合性治疗会让效果更好。
1.药物治疗
肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗暂时缓解症状。
（1）外治用消肿止痛洗剂坐浴，外涂金黄膏。
（2）使用抗生素急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。
（3）中药内服用萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，伴发热用仙方活命饮。
2.手术治疗
（1）切开引流肛瘘发作期合并感染，此时因身体其他因素不能手术，可以在感染灶表面切小口引流或注射器抽脓处理。这种方法效果立竿见影，但只是暂时缓解，日后还需再行根治手术。
（2）置管或挂线引流对高位瘘或多瘘管的复杂瘘，没有把握手术，但为了防止病情加重或蔓延，可以在瘘管内放置引流管或引流条，每天药物冲洗，虽不能根治，但可以控制病情。
（3）肛瘘切开术肛瘘最经典与最主流术式，90%以上低位肛瘘的治疗采用此方法。
（4）瘘管剔除术对瘘管完全粘连、较细的低位肛瘘，探针无法探入，可以采用剔除术。
（5）主灶切开支管旷置术适用于各种复杂性肛瘘。操作时首先要对主灶进行定位，及内口和肛管处的瘘管，这部分采取直接切开。对外口行扩创。打通外口与主灶间的瘘管，并放置引流条或引流管。术后7～10天左右拆除。
（6）挂线术适用于高位肛瘘。挂线术是目前国内外治疗高位肛瘘的最主要方法。以线代刀行慢切割，在切断肛瘘管壁的同时，造成断端的炎症粘连，防止回缩，可以适当起到保护肛门功能的作用。但缺点是，疼痛明显，尤其是还需要二次紧线，疗程相对较长。
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